Varainhoito- ja talousarvioyksikkö avustaa Cedefopin henkilöstöä talousarviomäärärahojen ennakoinnissa, toteutuksessa ja seurannassa. Se varmistaa varainhoitoa ja talousarvioon liittyviä asioita koskevan sisäisen ja ulkoisen raportoinnin. Se varmistaa lisäksi kaikkien vuotuisesta talousarviosta toteutettujen rahoitustoimien keskitetyn tarkastamisen. Viime vuosina Cedefopin talousarvio on ollut noin 18 miljoonaa euroa, ja se on rahoitettu lähes kokonaan Euroopan unionin varoista.